自99年1月1日起提出之台灣發明專利申請案，其實體審查申請費，依申請實體審查時申請專利範圍之請求項數計算，超出基本項數者，超出部分改採逐項收費制。申請專利範圍之請求項合計在10項以內者，每件新臺幣7000元；請求項超過10項者，每項加收新臺幣800元。現行依說明書及圖式頁數計費之方式，仍予維持。

1、逐項收費規定之適用範圍，除99年1月1日起新提出之發明申請案外，包括99年1月1日起新提出之發明分割申請案亦屬之；另如原申請案為新型，於99年1月1日起改請為發明者亦適用之。

2、發明申請案於初審發給第一次審查意見通知前，因其申請案之審查均係依修正後之申請專利範圍為之，申請人如有增、刪其請求項，均以修正後之申請專利範圍進行審查，爰明定以修正後之總請求項數計算實體審查申請費。進一步說明如下：

（1）如為刪除請求項者，原請求項數如有超出基本項數，最多退還超出基本項數部分之實體審查申請費；原請求項數如在基本項數範圍內，縱有刪除請求項，仍不退還實體審查申請費。例如原請求項為12項，縱為刪除3項，仍僅退還2項之實體審查申請費。

（2）如為新增請求項者；依修正後總請求項數計算，如有超出基本項數者，超出部分須逐項收費。

（3）如為刪除部分原請求項並新增新請求項者；例如申請時請求項有8項，嗣提出修正，原請求項刪除2項、另新增5項，修正後共計11項，此時已超出基本項數，須補交所超出基本項之1項費用新臺幣800元。

3、於申請案發給第一次審查意見通知後，如有新增請求項者，審查人員有重行檢索及審查之必要，爰明定該新增之請求項應收取實體審查申請費。進一步說明如下：

（1）各次修正新增之請求項數，依形式上增加之請求項數計算之，再與其前各次已繳費之最高總項數合併計算合計後，如未超出基本項數，無須補交實體審查申請費；如有超出基本項數者，則該部分仍須逐項收費。

（2）惟如刪除部分為發給審查意見通知前已提出之請求項者，因該部分業經審查，已繳之實體審查申請費不予退還。從而，通知前已提出之請求項雖經刪除，其項數仍列應收費項數合併計算。舉例如下，例如申請案初審發給第一次審查意見通知前，其原請求項有8項，發給第一次審查意見通知後，申請人提出修正，新增請求項6項，刪除通知前原請求項2項，因原有8項請求項均已經過審查，縱有刪除，亦不退還審查費，因此，其計算方式係將原有項數（8項）與新增項數（6項）合計共14項，超出之4項部分，逐項加收實體審查申請費，每項800元，共計3200元。

（3）於申請案發給第一次審查意見通知後，至收到第二次審查意見通知前，如有多次修正，該數次修正將如同前述未收到審查通知前之計算方式。其刪除發給審查意見通知前已提出之請求項者，該部分項數仍應計入收費；至於新增部分，無論多次先後增刪（此處限刪除第一次通知後始新增之請求項），各次修正之項數均合併計算後，並與第一次通知前已經審查之項數再合併計算。例如，原請求審查之請求項為8項，第一次通知後提第一次修正，刪除原請求項2項，新增4項，第二次修正針對第一次修正新增之4項刪除2項，另再新增3項，其計費方式如下：4-2+3=5，5+8＝13，須補交3項超項費。